Le virus qui vide les plages : comment une nouvelle grippe aviaire décime les populations d’éléphants de mer

Une étude publiée en 2025 dans la revue scientifique « Communications Biology » par Bamford et ses collègues confirme une chute de 47% du nombre de femelles reproductrices d’éléphants de mer du Sud sur l’île subantarctique de Géorgie du Sud entre 2022 et 2024. L’île abritant plus de la moitié de la population reproductrice mondiale, ce déclin équivaut à une perte estimée à 53000 femelles en une seule saison. Une perte sans précédent qui met en péril la survie de l’espèce.

Les éléphants de mer du Sud (Mirounga leonina) sont les plus grands phoques de la planète. Les mâles peuvent atteindre près de six mètres de longueur pour un poids allant jusqu’à quatre tonnes, tandis que les femmes atteignent environ trois mètres et pèsent approximativement trois tonnes. Ces mammifères passent l’essentiel de leur existence en mer, plongeant à plus de 1 500 mètres de profondeur et parcourant des milliers de kilomètres dans les eaux antarctiques et subantarctiques à la recherche de poissons et de calmars. Une fois par an, ils retournent sur les côtes pour la saison de reproduction. Les femelles mettent bas quelques jours après leur arrivée, allaitent leurs petits, puis s’accouplent à nouveau avant de reprendre le large. Pendant des décennies, la population de Géorgie du Sud est demeurée remarquablement stable. Cet équilibre s’est toutefois effondré avec l’arrivée d’un virus qui n’aurait jamais dû atteindre des latitudes aussi méridionales.

À l’origine de cette hécatombe : une souche particulièrement agressive de grippe aviaire, le H5N1, issue du clade 2.3.4.4b, une branche du virus à la propagation fulgurante. Les virus influenza circulent naturellement chez les oiseaux sauvages et évoluent continuellement par mutations et recombinaisons génétiques. Cette souche se distingue non par son origine, mais par l’ampleur inédite de sa dissémination mondiale et par sa capacité à infecter un nombre croissant d’espèces.

Depuis 2020, cette souche, principalement transportée par les oiseaux migrateurs, s’est rapidement propagée d’un continent à l’autre. Au fil du temps, elle a supplanté les plus anciens variants du virus et commencé à infecter des mammifères à une échelle rarement observée jusque-là, notamment des lions de mer, des phoques, des renards et des loutres. Chez plusieurs espèces, les épidémies ont entraîné des épisodes de mortalité massive.

L’activité humaine a indirectement favorisé cette propagation, de par l’élevage industriel de volailles, la mondialisation des échanges commerciaux et la forte concentration de bétail qui offrent des conditions idéales à l’amplification du virus.Les importantes épizooties touchant les oiseaux d’élevage augmentent la charge virale présente dans l’environnement, favorisant ainsi les transmissions vers la faune sauvage. La transformation des habitats et la modification des routes migratoires redessinent également les zones de contact entre espèces.

Longtemps préservés, l’Antarctique et les îles subantarctiques environnantes ont vu la situation évoluer en septembre 2023, lorsque des cas ont été détectés chez des labbes bruns sur l’île de Géorgie du Sud. Ces oiseaux marins auraient probablement transporté le virus depuis des foyers épidémiques situés en Amérique du Sud. En quelques mois, le virus aurait ensuite franchi la barrière des espèces pour contaminer des mammifères marins, dont les éléphants de mer du Sud.

Une fois installé, le virus bénéficie de conditions de transmission idéales. Les éléphants de mer se reproduisent au sein de colonies extrêmement denses, où des milliers d’individus se tiennent serrés les uns contre les autres. Les jeunes éléphants de mer, dépourvus de défenses immunitaires et physiquement fragiles, sont particulièrement vulnérables. Dans la péninsule Valdés, en Argentine, ce même virus a décimé jusqu’à 97 % des petits éléphants de mer dans certaines colonies. En Géorgie du Sud, la mortalité des individus adultes est plus difficile à mesurer, de nombreux individus mourant en mer. Toutefois, l’effondrement soudain de la fréquentation des sites de reproduction laisse fortement supposer une mortalité importante chez les adultes.

Cette épidémie inquiète particulièrement en raison du comportement du virus chez les mammifères. Alors que les anciennes souches de grippe aviaire touchaient surtout le système respiratoire, le clade 2.3.4.4b affecte fréquemment le cerveau. Chez les phoques, les infections entraînent régulièrement des encéphalites sévères, avec des convulsions, une désorientation et une mort rapide. Des cellules virales ont été détectées dans les tissus cardiaques et d’autres organes, ce qui indique des lésions systémiques généralisées. Des mutations génétiques associées à une meilleure réplication dans les cellules de mammifères ont été identifiées dans des virus isolés chez des mammifères marins, ce qui suggère une adaptation constante aux nouveaux hôtes.

Afin de déterminer l’étendue de l’effondrement, des scientifiques ont, à l’aide de drones équipés de caméras haute résolution, cartographié les trois plus grandes plages de reproduction de la Géorgie du Sud en 2022 et 2024. Les clichés recueillis ont permis de dénombrer avec précision les femelles adultes. En conditions normales, les variations annuelles des effectifs d’individus reproducteurs ne dépassent pas les 10%. Une chute de près de la moitié de la population en seulement deux ans excède largement les fluctuations naturelles et témoigne d’un choc extérieur inhabituel.

Bien que le virus en soit la cause immédiate, les conditions environnementales peuvent en amplifier ses effets. L’étude souligne le besoin d’une dynamique stable de la banquise et de zones d’alimentation productives pour les phoques, afin de reconstituer leurs réserves d’énergie après la période de reproduction. De longues études d’autres régions du monde suggèrent une corrélation entre les modifications de la banquise et la baisse de la population des éléphants de mer.  Au cours de l’hiver 2023-2024, des anomalies inhabituelles de la banquise ont été observées dans l’Atlantique Sud. Si elles ne suffisent pas, à elles seules, à expliquer un tel effondrement, elles ont pu affaiblir la capacité des éléphants de mer à se remettre des infections et de l’épuisement lié à la reproduction.

Les conséquences dépassent largement le seul cas des éléphants de mer. Prédateurs majeurs de l’océan Austral, ils consomment d’importantes quantités de poissons et de calmars, contribuant ainsi à l’équilibre des chaînes alimentaires marines. Ils jouent également un rôle de sentinelles écologiques : parcourant de vastes zones océaniques et particulièrement sensibles aux changements environnementaux, leur état de santé reflète souvent des déséquilibres plus larges au sein de l’écosystème.

La reconstitution de la population, si tant est qu’elle y parvienne, devrait être extrêmement lente. Les éléphants de mer femelles ont une longue espérance de vie et un faible taux de mortalité à l’âge adulte, rendant l’espèce particulièrement vulnérable aux pertes soudaines. Selon les modèles démographiques un retour à la normale pourrait nécessiter plusieurs décennies. Dans les scénarios les plus pessimistes, les effectifs pourraient ne pas retrouver leur nombre d’avant l’épidémie avant la fin du siècle.

Toute intervention directe apparaît quasiment impossible. La vaccination des populations sauvages ou le soin des animaux infectés le long de milliers de kilomètres de côtes isolées n’est tout simplement pas envisageable. Les scientifiques concentrent, à la place, leurs efforts sur la surveillance et la détection précoce. Les relevés par drones, l’imagerie satellitaire et les réseaux internationaux de suivi des maladies sont progressivement renforcés afin de suivre l’évolution des populations et la propagation du virus. Des relevés de suivi permettront de déterminer si les femelles disparues réapparaissent ou si ces pertes correspondent à une mortalité définitive.

Ce qui se passe actuellement sur ces plages isolées est bien plus qu’une catastrophe écologique localisée. Cela marque l’arrivée d’un système pathogène mondial dans l’un des derniers écosystèmes relativement isolés de la Terre. La propagation du virus dans la région antarctique montre à quel point les agents pathogènes émergents, les conséquences de la production industrielle de viande et les écosystèmes modifiés par l’homme s’entrecroisent désormais, même dans les endroits les plus reculés de la planète. Pour l’instant, les plages désertes de la Géorgie du Sud témoignent silencieusement de la rapidité avec laquelle la stabilité écologique peut s’effondrer. Il n’est pas certain que la plus grande population d’éléphants de mer au monde puisse se remettre de ce choc.